Update to most recent commits on master branch.

sPuReMD/src/analyze.c

sPuReMD/src/driver.c

sPuReMD/src/ffield.c

sPuReMD/src/geo_tools.c

sPuReMD/src/geo_tools.h

sPuReMD/src/init_md.c

sPuReMD/src/lin_alg.c

sPuReMD/src/mytypes.h

sPuReMD/src/print_utils.c

sPuReMD/src/restart.c

sPuReMD/src/restart.h

sPuReMD/src/spuremd.c

sPuReMD/src/spuremd.h

sPuReMD/src/tool_box.c

sPuReMD/src/tool_box.h

sPuReMD/src/traj.c

tools/driver.py